Amarengo

Articles and news

LIPID MAPS-Nature Lipidomics Gateway: en online-resurs för studenter och lärare intresserade av lipider | Amarengo

LIPID Metabolites and Pathways Strategy (LIPID MAPS) consortium (i) har utvecklat en uppsättning omfattande online-resurser tillgängliga på LIPID MAPS-Nature Gateway (ii) webbplats för studenter, lärare och forskare intresserade av lipider. Dessa resurser inkluderar handledning och instruktionsmaterial, experimentella data för lipider och gener tillsammans med protokoll och standarder, databaser av lipidstrukturer och lipidassocierade gener eller proteiner, verktyg för strukturritning och masspektrometrianalys och vägar med integrerad lipid-och genuttrycksdata. En översikt över dessa resurser finns i denna rapport.

Gateway-webbplatsen tillhandahåller olika handledning om lipidkemi och lipidmetabolomics som PowerPoint-bilder som kan användas av studenter för att lära sig om lipider eller införlivas av lärare i deras instruktionsmaterial. Handledningarna eller föreläsningarna finns tillgängliga om följande ämnen: (a) lipidkemi och klassificering; (b) fettsyrabiosyntes; (c) fettsyraoxidation; (d) ketonkroppar och essentiella fettsyror; (e) prostaglandiner och andra eikosanoider; (f) glycerolipider och glycerofosfolipider; (g) sfingolipider; (h) kolesterol och andra steroler; i) lipoproteiner och j) fettlösliga vitaminer. Dessa handledning använder omfattande ett omfattande lipidklassificeringssystem (iii,iv) utvecklat av konsortiet.

de fullständiga lipidomiska och genuttryck experimentella datauppsättningarna som genereras av konsortielaboratorierna över murina makrofag RAW 264.7 (v) cellinje och primära makrofagceller under olika stimulerande förhållanden finns tillgängliga på Gateway-webbplatsen. Integrerade lipid -, gen-och vägkartor har också skapats med hjälp av dessa lipidomiska och genmatrisdatauppsättningar. Lärare kan införliva dessa experimentella datamängder, tillsammans med integrerade pathway kartor, i kursmaterial för analys och hypotes generation ledande studenter att utforska on-line material för ytterligare detaljer.

följande två nya databaser finns tillgängliga på Gateways webbplats: LIPID MAPS Structure Database (LMSD) (vi) och LIPID MAPS Proteome Database (lmpd) (vii). LMSD innehåller över 30 000 lipidstrukturer tillsammans med deras fysikalisk-kemiska egenskaper; LMPD har över 1 200 lipidrelaterade proteiner för var och en av mänskliga och musarter. Dessa databaser ger en omfattande informationskälla för lipidstrukturer och lipidassocierade gener eller proteiner för studenter, lärare och forskare intresserade av lipider.

Gateway-webbplatsen tillhandahåller en serie Online masspektrometri (MS) förutsägelse och strukturritningsverktyg (viii). Dessa verktyg tillåter användare att utföra MS-analys och generera komplicerade lipidstrukturer på ett relativt enkelt sätt. Forskare kan använda MS-verktygen för att identifiera en mängd olika lipidmolekylära joner från masspektraldata. Studenter och lärare kan använda strukturritningsverktygen för att generera konsekventa lipidstrukturrepresentationer för rapporter, presentationer och publikationer.

kontinuerlig utveckling av onlineverktyg, databaser och andra resurser kommer att fortsätta baserat på feedback från medlemmarna i LIPID MAPS consortium och samhället i stort. Ytterligare lipider kommer att läggas till från icke-däggdjurskällor som växter, bakterier, alger och marina organismer till LMSD under de närmaste åren. Förutom befintliga online-strukturgenereringsverktyg för Mycobacterium tuberculosis lipidome, utveckling av strukturritningsverktyg för andra artspecifika lipidomer förutses. Konsortiemedlemmarna planerar att utföra ytterligare experiment med primära makrofagceller under olika stimulerande och hämmande förhållanden och göra alla experimentella data tillgängliga på Gateway-webbplatsen. Pedagogiskt material associerat med lipidbiokemi och biologi kommer också att utökas på Gateway-webbplatsen.

Lämna ett svar

Din e-postadress kommer inte publiceras.